mason/help/cview.mas

   1 <& /page/page_title.mas, title=>"SGN Comparative Viewer Help" &>
   2
   3   <center>
   4
   5
   6   <table summary="" width="720" cellpadding="0" cellspacing="0"
   7   border="0">
   8     <tr>
   9       <td>
  10         <center>
  11           <table summary="" width="720" cellpadding="0"
  12           cellspacing="0" border="0">
  13             <tr>
  14               <td>
  15                 The <a href="/cview/view_chromosome.pl">comparative
  16                 viewer</a> is a tool for displaying, browsing, and
  17                 comparing map information on SGN.
  18
  19     <h3>Map overview page</h3>
  20
  21     <p>When choosing a map from the map menu, the map overview page will be displayed. It shows some overview information about the map and allows the map to be queried with marker names. The basic elements on this page are:
  22  <ol>
  23 <li>A small overview graph with all the chromosomes in the map that illustrates the marker density of each linkage group. The glyphs are clickable and will open the clicked chromosome in chromosome detail view.</li>
  24 <li>A text box that can be used to locate markers on the map - you can highlight multiple markers by entering marker names separated by spaces.</li>
  25 <li>Size increase/decrease, to change the display size of the map.
  26 <li>The abstract gives more details about the origins, submitters, and methodologies of the map.</li>
  27 <li>A list of chromosomes in the map along with the number of markers located on the map. </li>
  28 <li>Statistics about the marker collections, such as COSII markers.</li>
  29 <li>Statistics about the different assay protocols that were used to construct the map, such as RFLP markers or CAPS markers.</li>
  30 <li>User comments. Any logged in user can leave a comment about the map displayed. The comment feature is not available on all maps.</li>
  31 </ol>
  32
  33 <div class="boxbgcolor5">
  34 <center>
  35     <img src="/documents/img/cview_overview_screenshot1as.png" border="0" alt="cview overview page screenshot" />
  36     <img src="/documents/img/cview_overview_screenshot2as.png" border="0" alt="cview overview page screenshot" />
  37 </center>
  38 </div>
  39
  40 <h3>The chromosome view</h3>
  41
  42 <p>Clicking on one of the chromosome glyphs on the overview page will bring up the chromosome view. In this view, a chromosome is displayed in its entirety, but most of the marker names will be hidden because on most maps there are too many markers to be displayed. To see all the markers, the map can be zoomed into by clicking on a point of interest. This will bring up a zoomed-in view alongside the chromosome. The chromosome can also be compared to another chromosome of another map by choosing a comparison chromosome from the list.</p>
  43
  44 <div class="boxbgcolor5"><center><img src="/documents/img/cview_screenshot.jpg" alt="comparative viewer" /></center></div>
  45
  46     <p>A typical image from a chromosome view is shown in the figure above (the exact rendering of the buttons will depend on the platform and browser used).
  47     The different screen elements are:</p>
  48
  49                 <ol>
  50                   <li><p>The reference chromosome, always shown in
  51                   red. The chromosome number is given on the top
  52                   and approximately a dozen selected markers are
  53                   drawn according to their map position. The other
  54                   markers on the chromosome are only identified by
  55                   tickmarks. They can be viewed by clicking anywhere in the
  56                   chromosome reference chromosome, which brings up the zoomed-in map
  57                   (2), in which all markers are displayed in the
  58                   given interval. For certain maps, the reference chromosome can have
  59                   additional information displayed, such as IL line
  60                   information, a ruler, and physical map.</p></li>
  61
  62                   <li><p>The zoomed in map displays a section of the
  63                   reference chromosome, showing all markers at the
  64                   current score cutoff. The marker names can be
  65                   clicked to reach the marker detail page. A gray
  66                   dot next to the marker names means that an overgo
  67                   probe has been developed for this marker. A red
  68                   dot means that BACs have been anchored to the
  69                   overgo developed from this marker. Clicking on
  70                   the red dot shows all the anchored BACs and which
  71                   FPC contigs they fall into.</p></li>
  72
  73                   <li><p>The comparison chromosome. It can be selected
  74                   using the pulldown menu in the toolbar (7), and
  75                   then clicking 'compare'. Only markers that are on
  76                   the reference map are displayed with their names, the other
  77                   markers are shown by a tick mark only. The marker
  78                   names can be clicked to view the corresponding
  79                   marker detail page. If all markers are of
  80                   interest in the comparison chromosome, the button
  81                   'switch chromosomes' can be clicked. The
  82                   comparison chromosome takes the place of the
  83                   reference chromosome and vice versa.</p></li>
  84
  85                   <li><p>If the physical button is clicked in the
  86                   toolbar (7), the physical map is displayed, which
  87                   shows how many BACs have been anchored to the
  88                   genetic map using the overgo process. The
  89                   physical map can presently only be viewed for the
  90                   Tomato EXPEN2000 and Tomato EXPEN 1992
  91                   maps.</p></li>
  92
  93                   <li><p>If the IL button in the toolbar (7) is
  94                   pressed, the chromosome sections of the
  95                   corresponding IL lines are displayed. The IL
  96                   lines can currently only be viewed for the Tomato
  97                   EXPEN 1992 map.</p></li>
  98
  99                   <li><p>Rulers can be activated by pressing the ruler
 100                   button in the toolbar (7).</p></li>
 101
 102                   <li><p>The Toolbar. It is divided into five
 103                   sections.</p>
 104
 105                     <ul>
 106                       <li><p>The marker coloring options. This line
 107                       contains a button for changing the coloring
 108                       either according to score of the marker or by
 109                       marker type. The different LOD scores can be
 110                       clicked and markers of lower LOD scores will
 111                       be hidden.</p></li>
 112
 113                       <li><p>Scrolling and Zooming. This line contains
 114                       buttons for scrolling up and down, zooming in
 115                       and out, and toggling between hide and show
 116                       zoomed. It also contains a link that will
 117                       perform a database search for all markers on
 118                       the zoomed-in chromsome section.</p></li>
 119
 120                       <li><p>Compare map to: A pulldown menu allows
 121                       the selection of a map that shares markers
 122                       with the current reference map. The pulldown
 123                       menu is sorted such that the topmost entry
 124                       has to most shared markers. Clicking the
 125                       'compare' button will display the selected
 126                       comparison map.</p></li>
 127
 128                       <li><p>Jump to different map or chromosome. Also
 129                       contains a input box to hilite markers on the
 130                       chromosome. This only hilites markers on the
 131                       currently shown chromosome.</p></li>
 132
 133                       <li><p>show/hide functions: Allows the toggling
 134                       of the rulers, ILs, and physical map, and to
 135                       select the image size. The smaller image size
 136                       is ideal for smaller screen, such as
 137                       laptop screens.</p></li>
 138                     </ul>
 139                   </li>
 140                 </ol>
 141               </td>
 142             </tr>
 143           </table>
 144         </center>
 145       </td>
 146     </tr>
 147   </table>
 148 </center>
 149
 150
 151     <h3>The map comparison view</h3>
 152
 153 <p>Clicking on the "view entire map" link in the chromosome view displays the map comparison view. In total, three maps can be compared at the same time. Below is a screenshot of a comparison of tomato and potato.</p>
 154
 155 <div class="boxbgcolor5">
 156 <center>
 157 <img src="/documents/img/cview_maps1s.png" border="0" /><br />
 158 <img src="/documents/img/cview_maps2s.png" border="0" /><br />
 159 <img src="/documents/img/cview_maps3s.png" border="0" /><br />
 160 </center>
 161 </div>