mason/help/index.mas

   1
   2
   3 <& /page/page_title.mas, title=>"SGN help" &>
   4
   5 <p>
   6 The Sol Genomics Network (SGN) is a database and website dedicated to the genomic information of the nightshade family, which includes species such as tomato, potato, pepper, petunia and eggplant.
   7 </p>
   8 <p>Cite SGN using <br><a href="http://www.plantphysiol.org/cgi/content/abstract/138/3/1310">Mueller et al (2005). The Sol Genomics Network. A Comparative Resource for Solanaceae Biology and Beyond. Plant Physiology 138:1310-1317.</a>
   9 <br>See more <a href="/help/publications.pl">SGN publications</a>
  10 </p>
  11
  12 <a name="individual"></a>
  13 <h4>Help files for specific SGN components:</h4>
  14 <ul>
  15 <li><a href="toolbar.pl">Toolbar</a></li>
  16 <li><a href="quick_search.pl">Quick search</a></li>
  17
  18 <li><a href="/help/gene_search_help.pl">Gene search</a></li>
  19 <li><a href="/help/phenotype_search_help.pl">Phenotype search</a></li>
  20 <li><a href="/help/qtl_cvterm_search_help.pl">QTL search</a></li>
  21 <li><a href="/help/gbrowse.pl">GBrowse annotation viewer</a></li>
  22 <li><a href="/help/cview.pl">Comparative viewer</a></li>
  23 <li><a href="/help/marker_search_help.pl">Marker search</a></li>
  24 <ul>
  25   <li><a href="/markers/cos_markers.pl">COS</a> and <a href="/markers/cosii_markers.pl">COSII markers</a></li>
  26   <li><a href="/markers/microsats.pl">SSRs markers</a></li>
  27 </ul>
  28 </li>
  29 <li><a href="/about/clone_policy.pl">Clone Request Policy</a></li>
  30 <li><a href="/help/downloading.pl">Rsync downloading options</a></li>
  31 <li><a href="/help/faq.pl">Frequently asked questions</a></li>
  32
  33 </ul>
  34
  35 <h4>General Help Topics</h4>
  36 <h5>Software requirements</h5>
  37
  38 <p>The SGN website is designed to work with most common browsers. No additional software is required. The SGN webpages use the <a href="http://www.w3.org/TR/xhtml1/">XHTML 1.0</a> and <a href="http://www.w3.org/Style/CSS/">Cascading Style Sheets (CSS)</a> standards from the <a href="http://www.w3.org">W3</a> consortium. Certain documents can be downloaded in the <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Portable_Document_Format">PDF format</a>.
  39 </p>
  40 <p>
  41 We test the pages in Firefox 2.0, Safari 2.0 and Microsoft Explorer 7. Please note that Netscape 4.x browsers are explicitly not supported due to a lack of style sheet support. We recommend the latest version of Firefox, which is available free of charge for all common platforms from the Mozilla project (<a href="http://www.mozilla.org">http://www.mozilla.org</a>). Please let us know if you experience problems with other browsers.
  42 </p>
  43
  44 <h5>Browser settings</h5>
  45 Please refer to your browser\'s manual or help pages to enable the following settings:
  46 <ul>
  47 <li>JavaScript has to be activated for the drop down menus to work properly.</li>
  48 <li>Cookies have to be enabled for the log in functions to work.</li>
  49 </ul>
  50
  51 <h5>SGN update cycle</h5>
  52 <p>The SGN codebase and database are updated weekly, every Wednesday morning. During the updates, for a short period of time, some links may not work properly. Please notify us if these conditions persist.
  53 </p>
  54
  55 <h5>Getting more information</h5>
  56 <ul>
  57 <li>subscribe to our <a href="http://rubisco.sgn.cornell.edu/mailman/listinfo/sgn-announce">announcement list</a> to keep up to date with the latest developments.</li>
  58 <li>email to <a href="mailto:sgn-feedback\@sgn.cornell.edu">sgn-feedback\@sgn.cornell.edu</a> for questions, comments and suggestions </li>
  59 </ul>
  60
  61
  62 <a name="submit"></a>
  63 <h5>Submitting information to SGN:</h5>
  64
  65
  66 SGN has community annotation tools are available for locus, allele, insitu experiments and images. <br />
  67 The related information can be added, updated and deleted by registered SGN users that have specially designated submitter accounts.
  68 In addition, for certain database records, only a designated editor may change the information. <br />
  69 Submitters are always accredited on each information page related to theur work (image, experiment, locus, phenotype, etc.) and are the sole owners of the data.<br />
  70 <a href="mailto:sgn-feedback\@sgn.cornell.edu">Contact us</a> if you would like to use the community annotation tools and become a submitter or editor.
  71 <ul>
  72 <li>How do I contribute information on my <a href="/phenome/">favorite gene?</a></li>
  73 <li><a href="/content/phenotype_submissions.pl">Submit your phenotyped population</a> and we will add it to our <a href="/search/direct_search.pl?search=phenotypes">phenotype database</a></li>
  74
  75 <li>To submit fluorescence in-situ hybridization (FISH) data, please follow the <a href="/content/fish.pl">these guidelines</a>.</li>
  76 <li>To submit genetic map data, please see the <a href="/content/map_submissions.pl">map and marker submission guidelines</a>.</li>
  77 <li>To submit genotypic and phenotypic data from a QTL study, please see the <a href="/qtl/guide.pl">QTL data submission guidelines</a>.</li>
  78
  79 <li>If you would like to add sequence, marker or other information to this database, or have any comments or suggestions, please send email to <a href="mailto:sgn-feedback\@sgn.cornell.edu">sgn-feedback\@sgn.cornell.edu</a>.</li>
  80 </ul>
  81 <br />
  82 </P>
  83