mason/secretom/detail/prediction.mas

   1 <%args>
   2   $static_dir
   3   $signalp_search_action
   4 </%args>
   5
   6 <style>
   7 .species_predictions {
   8   margin-bottom: 3em;
   9
  10 }
  11 .species_predictions h3 {
  12   font-size: 100%;
  13 }
  14 .species_predictions td {
  15   text-align: center;
  16 }
  17
  18 span.filename {
  19   font-family: monospace;
  20 }
  21 span.filesize {
  22   font-weight: bold;
  23 }
  24 span.filesize:before {
  25   content: '(';
  26 }
  27 span.filesize:after {
  28   content: ')';
  29 }
  30
  31 </style>
  32
  33 <& /page/page_title.mas, title => 'Computational prediction of secreted proteins' &>
  34
  35 <& /secretom/secretary/nav.mas, curr_page => 'background' &>
  36
  37 <div class="page_introduction">
  38   <p>
  39
  40   A number of <a class="tools_popup" href="#">computational tools</a> have been
  41   developed to predict the presence of SPs. These programs have been
  42   greatly refined in recent years and their accuracy has improved with
  43   the adoption of machine learning algorithms. However, while this is a
  44   valuable approach, as with all prediction-based tools, there is a
  45   consistent error rate and both false positive and negative predictions
  46   should be expected. One of our major goals is to identify the
  47   incorrect predictions and generate a database of computationally and
  48   functionally confirmed secreted plant proteins. It has been reported
  49   that one of the most effective predictors of SPs is <a
  50   href="http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP">SignalP 3.0</a>. We have
  51   used this to screen the predicted proteomes of several plant species
  52   to date (see below for SignalP results).
  53   </p>
  54
  55 </div>
  56
  57 <&| /page/info_section.mas, title => 'New predictor: Secretary' &>
  58
  59   <p>
  60   We are developing a new predictor, <a href="/secretom/secretary">SecreTary</a>,
  61   for more accurate computational prediction of plant proteins that
  62   traffic through the classical secretory pathway.  <a href="/secretom/secretary">Try SecreTary</a>,
  63   </p>
  64
  65 </&>
  66
  67 <&| /page/info_section.mas, title => 'SignalP results' &>
  68
  69   <table class="species_predictions">
  70   <tr>
  71     <td>
  72           <h3>Arabidopsis thaliana</h3>
  73           <img src="/img/secretom/arabidopsisthaliana.png" />
  74           <& .result_file, file => 'data/secretom/SignalP_predictions/Tair8.pep.1.sptp.fasta', dir => $static_dir &>
  75     </td>
  76      <td>
  77           <h3>Rice (Oryza sativa)</h3>
  78           <img src="/img/secretom/oryzasativa.png" />
  79           <& .result_file, file => 'data/secretom/SignalP_predictions/Rice.pep.1.sptp.fasta', dir => $static_dir &>
  80     </td>
  81     <td>
  82           <h3>Brachypodium distachyon</h3>
  83           <img src="/img/secretom/brachypodiumdistachyon.png" />
  84           <& .result_file, file => 'data/secretom/SignalP_predictions/Brachy.pep.1.sptp.fasta', dir => $static_dir &>
  85     </td>
  86     <td>
  87           <h3>Solanum lycopersicum</h3>
  88           <img src="/img/secretom/solanumlycopersicum.png" />
  89           <& .result_file, file => 'data/secretom/SignalP_predictions/ITAG1.pep.sptp.fasta', dir => $static_dir &>
  90     </td>
  91   </tr>
  92   </table>
  93
  94   <&| /page/info_section.mas, title => 'Search SignalP results for secreted proteins', is_subsection => 1 &>
  95
  96
  97     <form method="GET" style="text-align: center; margin: 2em auto" action="<% $signalp_search_action %>">
  98       <label for="query_input">Search</label>
  99       <input type="text" size="30" name="q" id="query_input" value="" />
 100       <input type="hidden" name="file" value="" />
 101       <input type="submit" value="Search" size="20" />
 102     </form>
 103
 104     <p>
 105     Use text terms (e.g. "polygalacturonase", "glycosyl hydrolase
 106     family", "gh9"), or locus names (e.g. "At1G65610.1"). This will
 107     provide you with a list of predicted proteins, grouped by species,
 108     with the annotation protein length, molecular weight, confidence
 109     scores for the presence of a secretory signal peptide and predicted
 110     localization.
 111     </p>
 112
 113   </&>
 114 </&>
 115
 116 <& /util/import_javascript.mas, classes => 'jquery.colorbox' &>
 117 <script>
 118   jQuery(".tools_popup").colorbox({width:"60%", inline:true, href:"#tools_popup"});
 119 </script>
 120 <div id="tools_popup">
 121 <&| /page/info_section.mas, title => 'Other computational tools for prediction of ER-targeting signal peptides' &>
 122   <ul>
 123   <li><a href="http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP">SignalP</a></li>
 124   <li><a href="http://www.predisi.de">PrediSi</a></li>
 125   <li><a href="http://rpsp.bioinfo.pl/">Rapid Prediction of Signal Peptides (RPSP)</a></li>
 126   <li><a href="http://phobius.sbc.su.se/">Phobius</a></li>
 127   <li><a href="http://urgi.versailles.inra.fr/predotar/predotar.html">Predotar</a></li>
 128   </ul>
 129 </&>
 130 </div>
 131
 132
 133
 134 <%def .result_file>
 135
 136 <%args>
 137 $file
 138 $dir
 139 </%args>
 140 % $file .= '.gz';
 141 % my $abs = file( $dir, $file );
 142 % my $size = -s $abs;
 143 % if( $size ) {
 144     <span class="filename"><% $abs->basename %></span>
 145
 146     <div>
 147       <a href="/download/<% file($file)->as_foreign('Unix') %>">[Download]</a>
 148       <span class="filesize"><%  Number::Bytes::Human::format_bytes( $size ) %></span>
 149     </div>
 150 % } else {
 151     <span class="ghosted">temporarily unavailable</span>
 152 % }
 153 </%def>
 154
 155 <%once>
 156 use Path::Class;
 157 use Number::Bytes::Human;
 158 </%once>