mason/phenotypes/phenotype_data.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /phenotypes/phenotype_data.mas - a component for printing table with stats of a phenotype object
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10
  11 Parameters:
  12
  13 =over 4
  14
  15 =item phenotypes
  16
  17 arrayref of L<Bio::Chado::Schema::Phenotype> objects
  18
  19 =item div
  20
  21 div id (for using with javascript)
  22
  23 =item has_qtl
  24
  25 applies to qtl populations. Used for adding a link to the qtl page
  26
  27 =item object_id
  28
  29 the database id of the object with associated phenotyeps
  30
  31
  32 =back
  33
  34 =head1 AUTHOR
  35
  36 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  37
  38 =cut
  39
  40 </%doc>
  41
  42 <%args>
  43     $phenotypes=>undef
  44     $div=> ''
  45     $has_qtl => undef
  46     $object_id => undef
  47 </%args>
  48
  49 <%once>
  50 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/ tooltipped_text columnar_table_html /;
  51
  52 use Statistics::Descriptive;
  53 use Scalar::Util qw(looks_like_number);
  54
  55 </%once>
  56
  57 <%perl>
  58
  59 my %data;
  60 my @qual_data;
  61 my %info; # hash of term names, since we can have multiple phenotypes of the same term
  62 my $graph_icon = qq |<img src="/documents/img/pop_graph.png"/> |;
  63
  64 ####
  65 if ($phenotypes) { ###  && UNIVERSAL::isa($phenotypes,"UNIVERSAL"))  {
  66 foreach my $phenotype (@$phenotypes) {
  67   ###while ( my $phenotype = $phenotypes->next ) {
  68    #$phenotype is a list of row objects with the following column values
  69    # qw/ stock_id value observable observable_id definition method_name type_name  accession db_name project_description cv_name unit_name ##
  70
  71   #first make sure phenotype_cvterm is a unit.ontology# Not sure this is necessary, since all we have (now) in phenotype_cvterm is units
  72   ##### if $phenotype->get_column('cv_name') ne 'unit.ontology' || undef ;
  73   my $unit_name = $phenotype->get_column('unit_name');
  74   my $type_name = $phenotype->get_column('type_name');
  75   my $method_name;
  76   if ($type_name eq 'method') {
  77      $method_name = $phenotype->get_column('method_name');
  78   } elsif ( !$type_name ) {
  79      $method_name =  'Trait' ;
  80   } else { next; } #skip the row if a phenotypeprop was fetched , but it is not a 'mehtod' type.
  81
  82   #push @ { $info{$observable->name."|". $observable->cvterm_id ."|". $definition . "|" . $unit} } , $phenotype;
  83
  84
  85   my $observable_name = $phenotype->get_column('observable');
  86   my $value =  $phenotype->get_column('value') ;
  87   push @{ $info{$method_name}{$observable_name}{phenotypes}} , $phenotype->get_column('value') ;
  88   $info{$method_name}{$observable_name}{cvterm_id} = $phenotype->get_column('observable_id');
  89   $info{$method_name}{$observable_name}{definition} = $phenotype->get_column('definition');
  90   $info{$method_name}{$observable_name}{unit} = $unit_name ;
  91 }
  92
  93 }
  94 my $count = 0;
  95 #display traits sorted by name
  96 ##NEED TO SORT BY cvtermprop or by parent? , then by name######
  97 foreach my $method(sort keys %info ) {
  98   foreach my $term_name(sort keys %{ $info{$method} } ) {
  99     my $term_id    = $info{$method}{$term_name}{cvterm_id};
 100     my $definition = $info{$method}{$term_name}{definition};
 101     my $unit       = $info{$method}{$term_name}{unit} ;
 102     $unit = " ($unit)" if $unit;
 103     $definition .= $definition . $unit if $unit;
 104
 105     my @values; # all quantitative data does here
 106     my @qual_values; #all qualitative data goes here
 107     foreach my $i ( @{ $info{$method}{$term_name}{phenotypes} } ) {
 108       my $value = $i ;###->value;
 109       if (looks_like_number($value))  {  push @values, $value ; }
 110       else { push @qual_values, $value ; }
 111     }
 112     my $stat = Statistics::Descriptive::Sparse->new();
 113     $stat->add_data(@values);
 114
 115     my $mean_value =  sprintf("%.2f", $stat->mean);
 116     my $min = sprintf("%.2f", $stat->min);
 117     my $max = sprintf("%.2f", $stat->max);
 118
 119     if (scalar(@values) ) {
 120        no warnings 'uninitialized';
 121        push  @ { $data{$method}{phen} } ,  [map {$_}
 122                      ( { width => "320" , content => (tooltipped_text(qq|<a href="/cvterm/$term_id/view">$term_name</a> $unit|, $definition ) ) } , { width => "60", content => $mean_value }, { with => "60" , content => $min } , { width => "60" , content => $max }, { width => "40" , content => scalar(@values) } )  ];
 123
 124       push  @ { $data{$method}{phen}[$count] } , qq | <a href="/phenome/qtl_analysis.pl?stock_id=$object_id&amp;cvterm_id=$term_id" onClick="Qtl.waitPage()"> $graph_icon</a> |    if $has_qtl;
 125       $count++;
 126     }
 127     if (scalar(@qual_values) ) {
 128       push  @qual_data,  [map {$_}
 129                           ( (tooltipped_text(qq|<a href="/cvterm/$term_id/view">$term_name</a>|, $definition) )  , join(', ' , @qual_values ) ) ];
 130     }
 131   }
 132      @ { $data{$method}{headings} } = ("$method" , "Average", "Min", "Max", "Lines/repeats");
 133      push @ { $data{$method}{headings} } , 'QTL(s)' if $has_qtl;
 134 }
 135
 136 </%perl>
 137
 138 <script  language="javascript">
 139
 140 </script>
 141
 142 <& /util/import_javascript.mas, classes => [ "CXGN.Phenome.Qtl" ] &>
 143
 144 <div id = "$div">
 145
 146 % foreach my $key( sort keys %data ) {
 147 %  my @data_points = @ { $data{$key}{phen} } if $data{$key}{phen};
 148 %  my @headings    = @ { $data{$key}{headings} };
 149 %  if (@data_points) {
 150
 151 <& /page/columnar_table.mas,
 152       headings   => \@headings,
 153       data       => \@data_points,
 154         __alt_freq   =>2,
 155         __alt_width  =>1,
 156         __alt_offset =>3,
 157         __align =>'lrrrc',
 158 &>
 159
 160 %   }
 161 % }
 162
 163 % if(@qual_data) {
 164
 165 <& /page/columnar_table.mas,
 166   headings => ["Qualitative Trait", "Value"],
 167     data     => \@qual_data ,
 168       __alt_freq   =>2,
 169       __alt_width  =>1,
 170       __alt_offset =>3,
 171       __align =>'ll',
 172 &>
 173
 174 % }
 175 </div>
 176
 177 <& /qtl/waitmessage.mas &>