mason/sequence/with_markup.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 sequence/with_markup.mas - display a sequence formatted on the client
   6 side with Text.Markup javascript
   7
   8 =head1 ARGS
   9
  10 =head2 seq
  11
  12 The L<Bio::PrimarySeqI> to display.
  13
  14 =head2 width
  15
  16 The width at which to line-break the sequence, default 80, set 0 or
  17 undef to disable.
  18
  19 =head2 subdiv
  20
  21 The number of bases at which to subdivide the sequence into groups,
  22 default 10, set 0 or undef to disable.
  23
  24 =head2 styles
  25
  26 Hashref of Text.Markup styles for use on the sequence.  Styles can be
  27 either single strings, which will insert that string at the given
  28 (single) coordinate, or arrayrefs of two strings that will be inserted
  29 at either side of a region.  Note that this component will add 'break'
  30 and 'space' styles to your styles if you don't already have them,
  31 which are defined as in the example below.
  32
  33 Example styles definition:
  34
  35  { methionine => ['<span class="methionine">','</span>'],
  36    stop_codon => ['<b>','</b>'],
  37    break      => '<br />',
  38    space      => ' ',
  39  }
  40
  41 =head2 regions
  42
  43 Text.Markup regions to apply the styles onto. Regions coordinates are
  44 numbered using space-oriented coordinates, which means that start=0
  45 means to insert in front of the first base pair, and an end equal to
  46 the sequence length will insert after the last base pair:
  47
  48   0 1 2 3 4 5 6 7     perl string coordinates (0-based)
  49   1 2 3 4 5 6 7 8     sequence coordinates    (1-based)
  50   g a t c g a t c     sequence
  51  0 1 2 3 4 5 6 7 8    space coordinates
  52
  53 Example regions (using example styles above):
  54
  55   [ ['methionine', 23,24], #< highlight the single base at index 23
  56                            #< (the 24th base) with the methionine style
  57
  58     ['orf', 23,54 ],       #< highlight bases 24-54 with the ORF style
  59
  60     ['break', 43 ],        #< insert the string from the 'break' style before
  61                            #< the 44th base
  62   ]
  63
  64 =head2 blast_url
  65
  66 If passed, will provide a 'BLAST' button that will POST the sequence
  67 to the given URL as `seq`
  68
  69 =cut
  70
  71 </%doc>
  72
  73 <%args>
  74   $seq
  75   $styles    => undef
  76   $regions   => undef
  77   $width     => 80
  78   $subdiv    => 10
  79   $blast_url => undef
  80 </%args>
  81
  82 <%perl>
  83   use POSIX;
  84
  85   #insert default space and break styles
  86   $styles ||= {};
  87   $styles->{space} ||= '<span style="margin: 0 0.5em"></span>';
  88   $styles->{break} ||= '<br />';
  89
  90   #insert space and break regions
  91   $regions ||= [];
  92   if( $subdiv || $width ) {
  93       # break every $width bases, and also hash them to use for filtering the spaces
  94       my %breaks =
  95           !$width ? ()
  96                   : map { $_ *= $width; $_ => ['break',$_] }
  97                     1..POSIX::floor($seq->length/$width);
  98       push @$regions, values %breaks;
  99
 100       # spaces every $subdiv bases, except where there is a break already
 101       push @$regions,
 102            !$subdiv ? ()
 103                     : map { $_ *= $subdiv; $breaks{$_} ? () : ['space',$_] }
 104                       1..POSIX::floor($seq->length/$subdiv);
 105
 106   }
 107 </%perl>
 108
 109 <span class="sequence">
 110   ><% $seq->id %> <% $seq->desc %>
 111 % if( $blast_url ) {
 112     <form style="display: inline" method="post" action="<% $blast_url %>">
 113         <input type="hidden" name="seq" value="<% '>'.$seq->id.( $seq->desc ? ' '.$seq->desc : '' )."\n".$seq->seq | h %>" />
 114         <input style="padding: 1px; line-height: 0.8" type="submit" value="BLAST" />
 115     </form>
 116 % }
 117
 118   <br />
 119   <& /util/markup_string.mas,
 120      styles  => $styles,
 121      string  => $seq->seq,
 122      regions => $regions,
 123   &>
 124 </span>
 125