mason/breeders_toolbox/download.mas

   1 <%args>
   2
   3 </%args>
   4
   5 <& /util/import_javascript.mas, classes => [ 'jqueryui', 'jquery.cookie', 'CXGN.BreederSearch', 'CXGN.List', 'CXGN.BreedersToolbox.HTMLSelect', 'spin_min', 'ladda_min' ] &>
   6
   7 <& /page/page_title.mas, title=>"Download Using Lists" &>
   8
   9 <div class="container-fluid">
  10
  11 <div class="well">
  12 Choose a list for each parameter and click "Download".
  13 </div>
  14
  15 <div class="well well-sm">
  16 <h4>Download Phenotypes</h4><p>Select Parameters:</p>
  17 <form id="download_form" action="/breeders/download_action" method="POST" >
  18 <table class="table table-bordered" >
  19   <thead>
  20   <tr>
  21     <th>
  22       Accessions
  23     </th>
  24     <th>
  25       Trials
  26     </th>
  27     <th>
  28       Traits
  29     </th>
  30     <th>
  31         Options
  32     </th>
  33     <th>
  34       Action
  35     </th>
  36   </tr>
  37   </thead>
  38   <tbody>
  39   <tr>
  40     <td>
  41       <div id="accession_list">
  42       </div>
  43     </td>
  44     <td>
  45       <div id="trial_list">
  46       </div>
  47     </td>
  48     <td>
  49       <div id="trait_list">
  50       </div>
  51    </td>
  52     <td>
  53     <b>Format:</b><br/>
  54     <select class="form-control" id="format" name="format">
  55         <option value=".csv">CSV</option>
  56         <option value=".xls">XLS</option>
  57         <option value="html">HTML</option>
  58     </select>
  59     <br/>
  60     <b>Data Level:</b><br/>
  61     <select class="form-control" id="phenotype_datalevel" name="phenotype_datalevel">
  62         <option value="all">All</option>
  63         <option value="plot">Plot</option>
  64         <option value="plant">Plant</option>
  65     </select>
  66     <br/>
  67     <b>Timestamp:</b><br/>
  68     <select class="form-control" id="timestamp" name="timestamp">
  69         <option value="0">No</option>
  70         <option value="1">Yes</option>
  71     </select>
  72     <br/>
  73     <b>Exclude Phenotype Outliers:</b><br/>
  74     <select class="form-control" id="exclude_phenotype_outlier" name="exclude_phenotype_outlier">
  75         <option value="0">No</option>
  76         <option value="1">Yes</option>
  77     </select>
  78     </td>
  79     <td>
  80       <button class="btn btn-primary" type="button" id="phenotype">Download</button>
  81       <input type="hidden" id="phenotype_download_token" name="phenotype_download_token"/>
  82     </td>
  83   </tr>
  84   </tbody>
  85   </table>
  86 </form>
  87 </div>
  88
  89 <div class="well well-sm">
  90 <h4>Download Metadata</h4><p>Select Parameters:</p>
  91 <form id="download_metadata_form" action="/breeders/download_action" method="POST" >
  92 <table class="table table-bordered" >
  93   <thead>
  94   <tr>
  95     <th>
  96       Trials
  97     </th>
  98     <th>
  99         Options
 100     </th>
 101     <th>
 102       Action
 103     </th>
 104   </tr>
 105   </thead>
 106   <tbody>
 107   <tr>
 108     <td>
 109       <div id="trial_metadata_list">
 110       </div>
 111     </td>
 112     <td>
 113     <b>Format:</b><br/>
 114     <select class="form-control" id="metadata_format" name="metadata_format">
 115         <option value=".xls">XLS</option>
 116         <option value=".csv">CSV</option>
 117         <option value="html">HTML</option>
 118     </select>
 119     <br/>
 120     <div id="datalevel" style="display:none">
 121       <select class="form-control" id="metadata_datalevel" name="metadata_datalevel">
 122           <option value="metadata">Metadata</option>
 123       </select>
 124     </div>
 125     </td>
 126     <td>
 127       <button class="btn btn-primary" type="button" id="metadata">Download</button>
 128       <input type="hidden" id="metadata_download_token" name="metadata_download_token"/>
 129     </td>
 130   </tr>
 131   </tbody>
 132   </table>
 133 </form>
 134 </div>
 135
 136 <script>
 137 $(document).ready(function() {
 138
 139     var lo = new CXGN.List();
 140
 141     $('#accession_list').html(lo.listSelect('accession_list', [ 'accessions' ], 'select', undefined, undefined));
 142     $('#trial_list').html(lo.listSelect('trial_list', [ 'trials' ], 'select', undefined, undefined ));
 143     $('#trait_list').html(lo.listSelect('trait_list', [ 'traits' ], 'select', undefined, undefined  ));
 144     $('#trial_metadata_list').html(lo.listSelect('trial_metadata_list', ['trials'], 'select', undefined, undefined));
 145
 146     $('#metadata').click(function() {
 147       var trial_list_id = $('#trial_metadata_list_list_select').val();
 148       var trial_validation = 1;
 149       if (trial_list_id) { trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true); }
 150
 151       var problem_lists = new Array();
 152       if (trial_validation != 1) {
 153         problem_lists.push('trials');
 154       }
 155
 156       if (problem_lists.length > 0) {
 157           alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 158                 return;
 159       }
 160
 161       var ladda = Ladda.create(this);
 162       ladda.start();
 163       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 164       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 165       jQuery('#metadata_download_token').val(token);
 166       jQuery('#download_metadata_form').submit();
 167
 168     });
 169
 170     $('#phenotype').click(function() {
 171
 172       var accession_list_id = $('#accession_list_list_select').val();
 173       var trial_list_id = $('#trial_list_list_select').val();
 174       var trait_list_id = $('#trait_list_list_select').val();
 175
 176       var accession_validation = 1;
 177       if (accession_list_id) { accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true); }
 178
 179       var trial_validation = 1;
 180       if (trial_list_id) { trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true); }
 181
 182       var trait_validation = 1;
 183       if (trait_list_id) { trait_validation = lo.validate(trait_list_id, 'traits', true); }
 184
 185       var problem_lists = new Array();
 186
 187       if (accession_validation != 1) {
 188         problem_lists.push('accessions');
 189       }
 190       if (trial_validation != 1) {
 191         problem_lists.push('trials');
 192       }
 193       if (trait_validation != 1) {
 194         problem_lists.push('trials');
 195       }
 196
 197       if (problem_lists.length > 0) {
 198          alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 199          return;
 200       }
 201
 202       var ladda = Ladda.create(this);
 203       ladda.start();
 204       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 205       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 206       jQuery('#phenotype_download_token').val(token);
 207       jQuery('#download_form').submit();
 208
 209         });
 210
 211 });
 212
 213 </script>
 214
 215
 216 <!-- start of code for pedigree download -->
 217
 218 <div class="well well-sm">
 219 <form id="download_pedigree" action="/breeders/download_pedigree_action" method="POST">
 220 <table class="table"  cellpadding="10">
 221   <thead>
 222   <tr><td colspan="2"><h4>Download Pedigree </h4><p>Select parameter:</p></tr>
 223   <tr>
 224     <th>
 225       Accessions
 226     </th>
 227     <th>
 228       Format
 229     </th>
 230     <th>
 231       Action
 232     </th>
 233   </tr>
 234   </thead>
 235   <tbody>
 236   <tr>
 237     <td>
 238       <div id="accession_list4">
 239       </div>
 240     </td>
 241     <td>
 242  <div class="radio">
 243   <label><input type="radio" id="ped_format" name="ped_format" value="parents_only" checked>Direct parents only</label>
 244  </div>
 245  <div class="radio">
 246    <label><input type="radio" id="ped_format" name="ped_format" value="full">Full pedigrees</label>
 247  </div>
 248      </td>
 249     <td>
 250       <button class="btn btn-primary" type="button" id="pedigree">Download</button>
 251       <input type="hidden" id="pedigree_download_token" name="pedigree_download_token"/>
 252     </td>
 253   </tr>
 254   </tbody>
 255   </table>
 256 </form>
 257 </div>
 258
 259
 260 <script>
 261 $(document).ready(function() {
 262
 263     var lo = new CXGN.List();
 264
 265     $('#accession_list4').html(lo.listSelect('pedigree_accession_list', [ 'accessions' ], 'select', undefined, undefined));
 266
 267     $('#pedigree').click(function() {
 268
 269         var accession_list_id = $('#pedigree_accession_list_list_select').val();
 270         if (!accession_list_id) {
 271             alert("You need to select an accession list!");
 272             return;
 273         }
 274
 275         var accession_validation = 1;
 276         if (accession_list_id) {
 277             accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 278
 279         }
 280
 281         if (accession_validation != 1) {
 282             alert("The accession list did not pass validation. Please correct the list and try again");
 283             return;
 284         }
 285
 286         var ladda = Ladda.create(this);
 287         ladda.start();
 288         var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 289         manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 290         jQuery('#pedigree_download_token').val(token);
 291         jQuery('#download_pedigree').submit();
 292
 293     });
 294 });
 295
 296 </script>
 297
 298 <!-- end of code for pedigree download -->
 299
 300
 301 <div class="well well-sm">
 302 <form id="download_gbs" action="/breeders/download_gbs_action" method="POST">
 303 <table class="table"  cellpadding="10">
 304   <thead>
 305   <tr><td colspan="2"><h4>Download GBS Genotype </h4><p>Select parameter:</p></tr>
 306   <tr>
 307     <th>
 308       Accessions
 309     </th>
 310     <th>
 311       Genotyping Protocol
 312     </th>
 313     <th>
 314       Action
 315     </th>
 316   </tr>
 317   </thead>
 318   <tbody>
 319   <tr>
 320     <td>
 321       <div id="accession_list2">
 322       </div>
 323     </td>
 324     <td>
 325       <div id="protocol_list">
 326       </div>
 327     </td>
 328     <td>
 329       <button class="btn btn-primary" type="button" id="genotype">Download</button>
 330       <input type="hidden" id="gbs_download_token" name="gbs_download_token"/>
 331     </td>
 332   </tr>
 333   </tbody>
 334   </table>
 335 </form>
 336 </div>
 337
 338 <script>
 339   $(document).ready(function() {
 340
 341       var lo = new CXGN.List();
 342
 343       $('#accession_list2').html(lo.listSelect('genotype_accession_list', [ 'accessions' ], 'select', undefined, undefined));
 344       get_select_box("genotyping_protocol", "protocol_list");
 345
 346       $('#genotype').click(function() {
 347
 348       var accession_list_id = $('#genotype_accession_list_list_select').val();
 349       var protocol_list_id = $('#protocol_list').val();
 350
 351       var accession_validation = 1;
 352       if (accession_list_id) {
 353         accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 354       }
 355
 356       if (!( accession_list_id || protocol_list_id) ) {
 357         alert("You need to select a list of accessions and a protocol !");
 358         return;
 359       }
 360
 361       var problem_lists = new Array();
 362
 363       if (accession_validation != 1) {
 364         problem_lists.push('accessions');
 365       }
 366
 367
 368       console.log(problem_lists);
 369
 370       if (problem_lists.length > 0) {
 371         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 372         return;
 373       }
 374
 375       var ladda = Ladda.create(this);
 376       ladda.start();
 377       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 378       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 379       jQuery('#gbs_download_token').val(token);
 380       jQuery('#download_gbs').submit();
 381
 382     });
 383
 384   });
 385 </script>
 386
 387 <div class="well well-sm">
 388 <form id="gbs_qc" action="/breeders/gbs_qc_action" method="POST">
 389 <table class="table" cellpadding="10">
 390   <thead>
 391   <tr><td colspan="3"><h4>GBS Genotype QC</h4><p>Select parameter:</p></tr>
 392   <tr>
 393     <th>
 394       Trials
 395     </th>
 396     <th>
 397       Accessions
 398     </th>
 399     <th>
 400       Genotyping Protocol
 401     </th>
 402     <th>
 403       Action
 404     </th>
 405   </tr>
 406   </thead>
 407   <tbody>
 408   <tr>
 409     <td>
 410       <div id="trial_list3">
 411       </div>
 412     </td>
 413     <td>
 414       <div id="accession_list3">
 415       </div>
 416     </td>
 417     <td>
 418       <div id="protocol_list2">
 419       </div>
 420     </td>
 421     <td>
 422       <button class="btn btn-primary" type="button" id="genotype_qc">Download</button>
 423       <input type="hidden" id="qc_download_token" name="qc_download_token"/>
 424     </td>
 425   </tr>
 426   </tbody>
 427   </table>
 428 </form>
 429 </div>
 430
 431 </div>
 432
 433 <script>
 434   $(document).ready(function() {
 435
 436       var lo = new CXGN.List();
 437
 438       $('#accession_list3').html(lo.listSelect('genotype_qc_accession_list', [ 'accessions' ], 'select', undefined, undefined));
 439       $('#trial_list3').html(lo.listSelect('genotype_trial_list', [ 'trials' ], 'select', undefined, undefined ));
 440       get_select_box("genotyping_protocol", "protocol_list2", {'id':'protocol_list2_select', 'name':'protocol_list2_select'});
 441
 442       $('#genotype_qc').click(function() {
 443
 444         $('#working').dialog( {
 445                 height: 100,
 446                 width:  300,
 447                 modal: true,
 448                 autoOpen: false,
 449                 closeOnEscape: true,
 450                 draggable: true,
 451                 resizable: true,
 452                 open: function() { $(this).closest('.ui-dialog').find('.ui-dialog-titlebar-close').hide(); },
 453                 title: 'Downloading genotype...'
 454                 });
 455
 456       var accession_list_id = $('#genotype_qc_accession_list_list_select').val();
 457       var trial_list_id = $('#genotype_trial_list_list_select').val();
 458
 459       var accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 460       var trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true);
 461
 462       if (! (accession_list_id || trial_list_id) ) {
 463         alert("You need to select an accession or a trail !");
 464         return;
 465       }
 466
 467       var problem_lists = new Array();
 468
 469       if (accession_validation != 1) {
 470         problem_lists.push('accessions');
 471       }
 472
 473       if (trial_validation != 1) {
 474         problem_lists.push('trials');
 475       }
 476
 477
 478       //alert("problem_lists is " + problem_lists);
 479
 480       console.log(problem_lists);
 481
 482       if (problem_lists.length > 0) {
 483         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 484         return;
 485       }
 486
 487       var ladda = Ladda.create(this);
 488       ladda.start();
 489       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 490       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 491       jQuery('#qc_download_token').val(token);
 492       jQuery('#gbs_qc').submit();
 493
 494     });
 495
 496   });
 497 </script>