mason/breeders_toolbox/trial_jbrowse_instance.mas

   1 <%args>
   2 $trial_id
   3 </%args>
   4
   5 <p id="trial_jbrowse_check">[loading...]</p>
   6
   7 <%perl>
   8
   9 my $project_name = lc($c->config->{project_name});
  10 my $test_url = "/jbrowse_$project_name/current/data/json/trials/" . $trial_id . "/trackList.json";
  11 my $jbrowse_url = "/jbrowse/?data=data%2Fjson%2Ftrials%2F" . $trial_id ."&tracks=DNA%2CGene%20exons%2C&cat=Diversity/NEXTGEN/Imputed&highlight=";
  12
  13 </%perl>
  14
  15 <script type="text/javascript" defer="defer">
  16 jQuery(document).ready(function () {
  17         prepareJbrowse();
  18
  19 function prepareJbrowse () { //ajax function to test for existence of given jbrowse trial url
  20   jQuery.ajax({
  21     type: 'GET',
  22     url: "<% $test_url %>",
  23     statusCode: {
  24         200: function () {  // if page is found, create and display link
  25                 jQuery('#trial_jbrowse_check').replaceWith('<a id="jbrowse_link" href="<% $jbrowse_url %>">View the vcf tracks for this trial in JBrowse</a>');
  26                 },
  27         404: function () { // if page not found, display message that jbrowse instance wasn't found
  28                 jQuery('#trial_jbrowse_check').html(" <i>No Jbrowse instance found for this trial</i>.");
  29                 }
  30         }
  31   });
  32 }
  33 });
  34 </script>