mason/breeders_toolbox/download.mas

   1 <%args>
   2
   3 </%args>
   4
   5 <& /page/page_title.mas, title=>"Download Using Lists" &>
   6
   7 <div class="container-fluid">
   8
   9 <div class="well">
  10 Choose a list for each parameter and click "Download".
  11 </div>
  12
  13 <div class="well well-sm">
  14 <form id="download_form" action="/breeders/download_action" method="POST" >
  15 <table class="table" cellpadding="10" border="0" >
  16   <thead>
  17   <tr><td colspan="4"><h4>Download Phenotype</h4><p>Select parameter:</p></tr>
  18   <tr>
  19     <th>
  20       Accessions
  21     </th>
  22     <th>
  23       Trials
  24     </th>
  25     <th>
  26       Traits
  27     </th>
  28     <th>
  29       Format
  30     </th>
  31     <th>
  32       Timestamps
  33     </th>
  34     <th>
  35       Action
  36     </th>
  37   </tr>
  38   </thead>
  39   <tbody>
  40   <tr>
  41     <td>
  42       <div id="accession_list">
  43       </div>
  44     </td>
  45     <td>
  46       <div id="trial_list">
  47       </div>
  48     </td>
  49     <td>
  50       <div id="trait_list">
  51       </div>
  52    </td>
  53    <td>
  54  <div class="checkbox">
  55   <label><input type="checkbox" id="format" name="format" value=".xls">.xls (default)</label>
  56 </div>
  57 <div class="checkbox">
  58   <label><input type="checkbox" id="format" name="format" value=".csv">.csv</label>
  59 </div>
  60 <div class="checkbox">
  61   <label><input type="checkbox" id="format" name="format" value="html">html</label>
  62 </div>
  63     </td>
  64     <td>
  65     <select class="form-control" id="timestamp" name="timestamp">
  66         <option value="0">No</option>
  67         <option value="1">Yes</option>
  68     </select>
  69     </td>
  70     <td>
  71       <input class="btn btn-primary" type="button" id="phenotype" value="Download" />
  72       <input type="hidden" id="download_token_value" name="download_token_value"/>
  73     </td>
  74   </tr>
  75   </tbody>
  76   </table>
  77 </form>
  78 </div>
  79
  80 <script>
  81 $(document).ready(function() {
  82
  83     var lo = new CXGN.List();
  84
  85     $('#accession_list').html(lo.listSelect('accession_list', [ 'accessions' ], 'select'));
  86     $('#trial_list').html(lo.listSelect('trial_list', [ 'trials' ], 'select' ));
  87     $('#trait_list').html(lo.listSelect('trait_list', [ 'traits' ], 'select'  ));
  88
  89     $('#phenotype').click(function() {
  90
  91     disable_ui();
  92
  93       var accession_list_id = $('#accession_list_list_select').val();
  94       var trial_list_id = $('#trial_list_list_select').val();
  95       var trait_list_id = $('#trait_list_list_select').val();
  96
  97       var accession_validation = 1;
  98       if (accession_list_id) { accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true); }
  99
 100       var trial_validation = 1;
 101       if (trial_list_id) { trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true); }
 102
 103       var trait_validation = 1;
 104       if (trait_list_id) { trait_validation = lo.validate(trait_list_id, 'traits', true); }
 105
 106       if (!accession_list_id || !trial_list_id || !trait_list_id) {
 107          enable_ui();
 108          alert("You need to select an accession, a trial, and a trait list!");
 109          return;
 110       }
 111
 112       var problem_lists = new Array();
 113
 114       if (accession_validation != 1) {
 115         problem_lists.push('accessions');
 116       }
 117       if (trial_validation != 1) {
 118         problem_lists.push('trials');
 119       }
 120       if (trait_validation != 1) {
 121         problem_lists.push('trials');
 122       }
 123
 124       if (problem_lists.length > 0) {
 125          enable_ui();
 126          alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 127          return;
 128       }
 129
 130       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token value
 131       $('#download_token_value').val(token);
 132
 133       $('#download_form').submit();
 134
 135       var fileDownloadCheckTimer;
 136       fileDownloadCheckTimer = window.setInterval(function () { //checks for response cookie to keep working modal enabled until file is ready for download
 137                              var cookieValue = $.cookie('fileDownloadToken');
 138                              if (cookieValue == token) {
 139                                 window.clearInterval(fileDownloadCheckTimer);
 140                                 jQuery.removeCookie('fileDownloadToken'); //clears this cookie value
 141                                 enable_ui();
 142                                 }
 143                         }, 1000);
 144         });
 145
 146         function disable_ui() {
 147         $('#working_modal').modal("show");
 148         }
 149
 150         function enable_ui() {
 151         $('#working_modal').modal("hide");
 152         }
 153 });
 154
 155 </script>
 156
 157
 158 <!-- start of code for pedigree download -->
 159
 160 <div class="well well-sm">
 161 <form id="download_pedigree" action="/breeders/download_pedigree_action" method="POST">
 162 <table class="table"  cellpadding="10">
 163   <thead>
 164   <tr><td colspan="2"><h4>Download Pedigree </h4><p>Select parameter:</p></tr>
 165   <tr>
 166     <th>
 167       Accessions
 168     </th>
 169     <th>
 170       Action
 171     </th>
 172   </tr>
 173   </thead>
 174   <tbody>
 175   <tr>
 176     <td>
 177       <div id="accession_list4">
 178       </div>
 179     </td>
 180     <td>
 181       <input class="btn btn-primary" type="button" id="pedigree" value="Download" />
 182     </td>
 183   </tr>
 184   </tbody>
 185   </table>
 186 </form>
 187 </div>
 188
 189
 190 <script>
 191   $(document).ready(function() {
 192
 193       var lo = new CXGN.List();
 194
 195       $('#accession_list4').html(lo.listSelect('pedigree_accession_list', [ 'accessions' ], 'select'));
 196
 197       $('#pedigree').click(function() {
 198
 199       disable_ui();
 200
 201       var accession_list_id = $('#pedigree_accession_list_list_select').val();
 202       var trial_list_id = $('#genotype_trial_list_list_select').val();
 203
 204
 205       var accession_validation = 1;
 206       if (accession_list_id) {
 207         accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 208
 209       }
 210
 211    if (! accession_list_id) {
 212         alert("You need to select an accession!");
 213         return;
 214       }
 215
 216       var problem_lists = new Array();
 217
 218       if (accession_validation != 1) {
 219         problem_lists.push('accessions');
 220       }
 221
 222    console.log(problem_lists);
 223
 224       if (problem_lists.length > 0) {
 225         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 226         return;
 227       }
 228
 229      jQuery('#download_pedigree').submit();
 230
 231       enable_ui()
 232
 233     });
 234
 235 function disable_ui() {
 236         $('#working_modal').modal("show");
 237         }
 238
 239         function enable_ui() {
 240         $('#working_modal').modal("hide");
 241         }
 242
 243   });
 244
 245 </script>
 246
 247 <!-- end of code for pedigree download -->
 248
 249
 250 <div class="well well-sm">
 251 <form id="download_gbs" action="/breeders/download_gbs_action" method="POST">
 252 <table class="table"  cellpadding="10">
 253   <thead>
 254   <tr><td colspan="2"><h4>Download GBS Genotype </h4><p>Select parameter:</p></tr>
 255   <tr>
 256     <th>
 257       Accessions
 258     </th>
 259     <th>
 260       Genotyping Protocol
 261     </th>
 262     <th>
 263       Action
 264     </th>
 265   </tr>
 266   </thead>
 267   <tbody>
 268   <tr>
 269     <td>
 270       <div id="accession_list2">
 271       </div>
 272     </td>
 273     <td>
 274       <div id="protocol_list">
 275       </div>
 276     </td>
 277     <td>
 278       <input class="btn btn-primary" type="button" id="genotype" value="Download" />
 279     </td>
 280   </tr>
 281   </tbody>
 282   </table>
 283 </form>
 284 </div>
 285
 286 <script>
 287   $(document).ready(function() {
 288
 289       var lo = new CXGN.List();
 290
 291       $('#accession_list2').html(lo.listSelect('genotype_accession_list', [ 'accessions' ], 'select'));
 292       get_select_box("genotyping_protocols", "protocol_list");
 293
 294       $('#genotype').click(function() {
 295
 296       disable_ui()
 297
 298       var accession_list_id = $('#genotype_accession_list_list_select').val();
 299       var protocol_list_id = $('#protocol_list').val();
 300
 301       var accession_validation = 1;
 302       if (accession_list_id) {
 303         accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 304       }
 305
 306       if (!( accession_list_id || protocol_list_id) ) {
 307         alert("You need to select a list of accessions and a protocol !");
 308         return;
 309       }
 310
 311       var problem_lists = new Array();
 312
 313       if (accession_validation != 1) {
 314         problem_lists.push('accessions');
 315       }
 316
 317
 318       console.log(problem_lists);
 319
 320       if (problem_lists.length > 0) {
 321         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 322         return;
 323       }
 324
 325       jQuery('#download_gbs').submit();
 326
 327       enable_ui()
 328
 329
 330     });
 331
 332         function disable_ui() {
 333         $('#working_modal').modal("show");
 334         }
 335
 336         function enable_ui() {
 337         $('#working_modal').modal("hide");
 338         }
 339
 340   });
 341 </script>
 342
 343 <div class="well well-sm">
 344 <form id="gbs_qc" action="/breeders/gbs_qc_action" method="POST">
 345 <table class="table" cellpadding="10">
 346   <thead>
 347   <tr><td colspan="3"><h4>GBS Genotype QC</h4><p>Select parameter:</p></tr>
 348   <tr>
 349     <th>
 350       Trials
 351     </th>
 352     <th>
 353       Accessions
 354     </th>
 355     <th>
 356       Action
 357     </th>
 358   </tr>
 359   </thead>
 360   <tbody>
 361   <tr>
 362     <td>
 363       <div id="trial_list3">
 364       </div>
 365     </td>
 366     <td>
 367       <div id="accession_list3">
 368       </div>
 369     </td>
 370     <td>
 371       <input class="btn btn-primary" type="button" id="genotype_qc" value="Quality Control" />
 372     </td>
 373   </tr>
 374   </tbody>
 375   </table>
 376 </form>
 377 </div>
 378
 379 </div>
 380
 381 <script>
 382   $(document).ready(function() {
 383
 384       var lo = new CXGN.List();
 385
 386       $('#accession_list3').html(lo.listSelect('genotype_qc_accession_list', [ 'accessions' ], 'select'));
 387       $('#trial_list3').html(lo.listSelect('genotype_trial_list', [ 'trials' ], 'select' ));
 388
 389       $('#genotype_qc').click(function() {
 390
 391         $('#working').dialog( {
 392                 height: 100,
 393                 width:  300,
 394                 modal: true,
 395                 autoOpen: false,
 396                 closeOnEscape: true,
 397                 draggable: true,
 398                 resizable: true,
 399                 open: function() { $(this).closest('.ui-dialog').find('.ui-dialog-titlebar-close').hide(); },
 400                 title: 'Downloading genotype...'
 401                 });
 402
 403       disable_ui()
 404
 405       var accession_list_id = $('#genotype_accession_list_list_select').val();
 406       var trial_list_id = $('#genotype_trial_list_list_select').val();
 407
 408       var accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 409       var trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true);
 410
 411       if (! (accession_list_id || trial_list_id) ) {
 412         alert("You need to select an accession or a trail !");
 413         return;
 414       }
 415
 416       var problem_lists = new Array();
 417
 418       if (accession_validation != 1) {
 419         problem_lists.push('accessions');
 420       }
 421
 422       if (trial_validation != 1) {
 423         problem_lists.push('trials');
 424       }
 425
 426
 427       //alert("problem_lists is " + problem_lists);
 428
 429       console.log(problem_lists);
 430
 431       if (problem_lists.length > 0) {
 432         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 433         return;
 434       }
 435
 436       jQuery('#gbs_qc').submit();
 437
 438       enable_ui()
 439
 440
 441
 442
 443     });
 444
 445         function disable_ui() {
 446         $('#working_modal').modal("show");
 447         }
 448
 449         function enable_ui() {
 450         $('#working_modal').modal("hide");
 451         }
 452
 453   });
 454 </script>