mason/markers/index.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /markers/index.mas - a Mason component displaying a marker detail page.
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 The following parameters are required:
  11
  12 =over 5
  13
  14 =item *
  15
  16 $dbh - a database handle
  17
  18 =item *
  19
  20 $marker_id - the id of a marker in the SGN database
  21
  22 =back
  23
  24 This component is based on Perl code developed by John Binns.
  25
  26 =head1 AUTHOR
  27
  28 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  29
  30 =cut
  31
  32 </%doc>
  33
  34 <%args>
  35 $dbh
  36 $marker_id => undef
  37 </%args>
  38
  39 <%perl>
  40
  41 use CXGN::Marker;
  42 use SGN::Exception;
  43
  44
  45
  46 my $e = undef;
  47
  48 if (!$marker_id) {
  49   $c->throw(
  50      public_message => 'marker_id must be provided as an argument for this page',
  51      is_client_error => 1,
  52   );
  53 }
  54
  55 my $marker = CXGN::Marker->new($dbh, $marker_id);
  56
  57 if (!$marker) {
  58   $e = SGN::Exception->new(title=>"Marker detail page error: Marker with marker_id $marker_id does not exist in the database");
  59  $m->comp('/site/error/exception.mas', exception=>$e);
  60   return;
  61
  62 }
  63
  64 my ($marker_name, @other_names) = $marker->name_that_marker();
  65
  66 my $src_feature = "SL2.50";
  67
  68 </%perl>
  69
  70 <& /page/page_title.mas, title=> "SGN Marker $marker_name" &>
  71
  72 <& /markers/basic_marker_info.mas, marker=>$marker, dbh=>$dbh &>
  73
  74 <&| /page/info_section.mas, title=>"Synonyms", collapsible=>1 &>
  75 % if (@other_names) {
  76     <% join "<br />", @other_names %>
  77 % }
  78 </&>
  79
  80 <&| /page/info_section.mas, title=>"Locus associations", collapsible=>1 &>
  81 <& /markers/kfg.mas, marker=>$marker &>
  82 </&>
  83
  84 <& /markers/rflp.mas, marker=>$marker &>
  85
  86 <& /markers/ssr.mas, marker=>$marker &>
  87
  88 <& /markers/cos.mas, marker=>$marker &>
  89
  90 <& /markers/cosii_orthologs.mas, marker=>$marker &>
  91
  92 <& /markers/derivation.mas, marker=>$marker &>
  93
  94 <& /markers/locations.mas, marker=>$marker &>
  95
  96 <& /markers/polymorphisms.mas, marker=>$marker &>
  97
  98 <& /markers/unigene_match.mas, marker=>$marker &>
  99
 100 <& /markers/overgo.mas, marker=>$marker &>
 101
 102 <& /markers/cosii_polymorphisms.mas, marker=>$marker &>
 103
 104 <& /markers/cosii_files.mas, marker=>$marker &>
 105
 106 <& /markers/attributions.mas, marker=>$marker &>
 107
 108 <& /markers/genotyped_markers.mas, marker_id=>$marker_id &>
 109
 110 <&| /page/info_section.mas, title => "Genomic location of $marker_name", collapsible=>1 &>
 111 <& /feature/jbrowse_exact_match.mas, feature=> $marker_name, src_feature=> $src_feature &>
 112 </&>
 113
 114 <& /markers/comments.mas, marker=>$marker &>
 115
 116
 117 % my $referer = '/search/markers/markerinfo.pl?marker_id='.$marker->marker_id();
 118
 119 <& /page/comments.mas, object_type=>"marker", object_id=>$marker_id, referer=>$referer &>