t/RemoteDB/SeqRead_fail.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 18,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent
  13                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16         use_ok('Bio::DB::GenBank');
  17         use_ok('Bio::DB::GenPept');
  18         use_ok('Bio::DB::SwissProt');
  19         use_ok('Bio::DB::RefSeq');
  20         use_ok('Bio::DB::EMBL');
  21         use_ok('Bio::DB::BioFetch');
  22 }
  23
  24 my $verbose = test_debug();
  25
  26 sub fetch {
  27     my ($id, $class) = @_;
  28     print "###################### $class  ####################################\n" if $verbose;
  29     my $seq;
  30     ok defined( my $gb = $class->new('-verbose'       => $verbose,
  31                                      '-delay'         => 0,
  32                                      '-retrievaltype' => 'tempfile') ), "defined for $class";
  33
  34     if ($class eq 'Bio::DB::SwissProt') {
  35         test_skip(-tests => 1, -requires_module => 'Data::Stag');
  36         next if $@;
  37     }
  38
  39     eval { $seq = $gb->get_Seq_by_id($id) };
  40     if ($@ || !defined $seq) {
  41         ok 1, "error or undef for $class";
  42         return;
  43     }
  44     ok 0, "failure for $class";
  45 }
  46
  47 my @classes = qw( Bio::DB::BioFetch Bio::DB::GenBank Bio::DB::GenPept
  48                   Bio::DB::SwissProt Bio::DB::RefSeq Bio::DB::EMBL );
  49
  50 my $id = 'XXX111';  # nonsense id
  51
  52 for (@classes) {
  53     fetch($id, $_);
  54 }