mason/organism/view_organism.mas

   1
   2 <%args>
   3 $organism_name
   4 $organism_id
   5 $taxon => ''
   6 $common_name
   7 $description => ''
   8 $comment => ''
   9 @synonyms => ()
  10 $taxonomy => ''
  11 $accessions => ''
  12 $solcyc => ''
  13 $solcyc_link => ''
  14 $ploidy => ''
  15 $genome_size => ''
  16 $chromosome_number => ''
  17 $maps => ''
  18 $est_attribution => ''
  19 @libraries => ()
  20 $phenotypes => ''
  21 $qtl_data => undef
  22 $user_id => undef
  23 $user_role => undef
  24 $form => undef;
  25 $static_data => undef;
  26 </%args>
  27
  28 <& /page/page_title.mas, title=>"Details for $taxon <i>$organism_name</i>" &>
  29
  30 <&| /page/info_section.mas, title=>'Basic information' &>
  31 <& /organism/basic_info.mas, name=>$organism_name, common_name=>$common_name, description=>$description, comment=>$comment, synonyms=> \@synonyms &>
  32 </&>
  33
  34 <& /organism/taxonomy.mas, taxonomy=>$taxonomy &>
  35
  36 <& /organism/accessions.mas, accessions => $accessions &>
  37
  38 <&| /page/info_section.mas, title=>'Metabolic details' &>
  39 <% $solcyc_link %>
  40 </&>
  41
  42 <&| /page/info_section.mas, title=>'Genome data' &>
  43 <& /organism/genomic_details.mas, ploidy => $ploidy, genome_size=>$genome_size, chromosome_number => $chromosome_number &>
  44 </&>
  45
  46 <&| /page/info_section.mas, title=>'Available Maps' &>
  47 <% $maps %>
  48 </&>
  49
  50 <&| /page/info_section.mas, title=>'Transcript Information' &>
  51
  52 % my @links = map { qq|<a href="/content/library_info.pl?library=$_\">$_</a>| } @libraries;
  53
  54 <& /page/info_table.mas,
  55    data => {
  56   'Libraries ('.scalar(@links).')' => (join ", ", (@links)),
  57   Attribution => $est_attribution }, border => 0
  58  &>
  59 </&>
  60
  61 <&| /page/info_section.mas, title=>'Phenomic Details' &>
  62 Number of phenotyped lines (for all <% $common_name %> species combined): <% $phenotypes %>
  63 </&>
  64
  65 <&| /page/info_section.mas, title=>'QTL data' &>
  66
  67 % if ($qtl_data) {
  68   <& /page/columnar_table.mas,
  69     data => $qtl_data,
  70     headings => [ 'Name', 'Traits' ],
  71     __alt_freq   => 2,
  72     __alt_width  => 1,
  73     __alt_offset => 3,
  74     __align      => 'l' &>
  75 %}
  76
  77
  78 </&>
  79
  80
  81 <&| /page/info_section.mas, title=>'SOL100 genome sequencing project data' &>
  82 <& /organism/project_metadata.mas, organism_id=>$organism_id &>
  83 </&>
  84
  85
  86
  87